首先，办理EDI许可证的费用主要包括以下几个部分：
1. **申请材料准备费用**：企业在申请前需要准备一系列材料，如公司营业执照、法人身份证明、公司章程、技术方案等。如果企业自行准备这些材料，费用较低；如果委托专业机构代办，可能会产生一定的服务费，一般在几百到几千元不等。
2. **专家评审费用**：部分地区在审批过程中可能需要专家评审，评审费用根据地区不同有所差异，通常在几千元左右。
3. **许可证工本费**：通过审批后，企业需要缴纳一定的许可证工本费，一般为几十到几百元。
4. **年检或续期费用**：EDI许可证的有效期一般为5年，到期前需要进行年检或续期，相关费用根据当地规定而定，通常在几百元以内。
总体来看，办理EDI许可证的总费用大约在1000元至5000元之间，具体金额因地区、代办机构和服务内容而异。
需要注意的是，虽然费用不是特别高，但办理流程较为复杂，涉及多个部门的审核与协调。因此，建议企业在办理前详细了解当地的政策要求，必要时可寻求专业机构的帮助，以提高办理效率，避免因材料不全或不符合要求而延误时间。
此外，企业在取得EDI许可证后，还需遵守相关的法律法规，确保业务合规运营。同时，定期关注政策变化，及时办理年检和续期手续，以免影响正常经营。
综上所述，办理EDI许可证的费用虽不高，但流程较为繁琐，企业应提前规划，确保顺利取得资质，合法开展电子数据交换业务。