涉密资质主要包括以下几种类型：
1. 涉密信息系统集成资质：适用于从事涉密计算机系统集成、软件开发、数据处理等业务的企业。
2. 涉密武器装备科研生产资质：适用于承担国防科技工业领域涉密科研、生产任务的单位。
3. 涉密档案数字化加工资质：适用于从事涉密档案资料整理、数字化处理等工作的单位。
办理涉密资质的主管部门是国家保密局及其地方各级保密行政管理部门。具体来说，中央国家机关、省（自治区、直辖市）级以及地市级的保密行政管理部门负责对本行政区域内申请涉密资质的单位进行审查和批准。
申请涉密资质的流程一般包括以下几个步骤：
1. 准备材料：包括企业法人营业执照、组织机构代码证、税务登记证、法定代表人身份证明、保密管理制度文件等。
2. 提交申请：向所在地的保密行政管理部门提交书面申请及相关材料。
3. 初审：保密行政管理部门对申请材料进行初步审核。
4. 现场审查：对申请单位进行实地检查，核实其是否符合资质条件。
5. 审批发证：通过审查的单位将获得相应的涉密资质证书。
需要注意的是，涉密资质的申请和管理具有严格的保密要求，申请单位必须具备良好的保密意识和健全的保密制度。同时，涉密资质的有效期一般为3至5年，到期后需重新申请或续期。
总之，涉密资质的办理涉及多个环节，申请单位应提前做好准备，并严格按照相关部门的要求进行操作，以确保顺利获得资质。