在大多数地区，食品经营许可证的申请和办理工作由当地的市场监督管理局（或称市场监管局）负责。该部门负责对食品经营者的经营条件、卫生状况、食品安全管理制度等方面进行审查，并决定是否发放许可证。
不同类型的食品经营行为，其办理部门可能略有不同：
1. **食品销售经营者**：如超市、便利店、食品零售店等，通常由当地市场监督管理局下属的食品流通监管科或相应科室负责办理。
2. **餐饮服务经营者**：如餐馆、食堂、快餐店等，除市场监督管理局外，部分地区可能还需要向卫生健康行政部门提交卫生许可申请，但最终的食品经营许可证仍由市场监督管理部门核发。
3. **网络食品经营**：随着电商的发展，从事网络食品销售的企业或个人也需要办理食品经营许可证，同样由市场监督管理部门受理。
办理流程一般包括以下步骤：
1. 准备相关材料，如身份证明、经营场所平面图、食品安全管理制度等；
2. 向所在地的市场监督管理局提交申请；
3. 部门进行现场核查；
4. 审核通过后，领取食品经营许可证。
需要注意的是，各地的具体规定可能存在差异，建议申请人提前咨询当地市场监督管理部门，了解最新的政策和办理要求。
总之，食品经营许可证的办理主要由市场监督管理部门负责，经营者应按照属地管理原则，向所在地区的相关部门申请办理。