首先，根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，从事食品销售的经营者应当依法取得食品经营许可证。而水果作为未经加工的农产品，通常被归类为“食用农产品”，不属于“食品”的范畴，因此在许多地方，水果店可以不办理食品经营许可证，只需办理营业执照即可。
然而，在实际操作中，部分地区的市场监管部门可能会要求水果店也办理食品经营许可证，尤其是当水果店同时销售预包装食品、散装食品或进行分装、加工等行为时。此外，如果水果店使用了食品添加剂、进行冷冻储存或销售进口水果，也可能需要办理相关许可证。
建议水果店主在开业前向当地市场监督管理部门咨询，了解具体的政策要求。同时，即使不需要食品经营许可证，也应确保所售水果符合食品安全标准，避免销售过期、变质或不符合卫生条件的水果，以保障消费者权益。
总之，水果店是否需要办理食品经营许可证，需结合当地法规和实际经营情况来判断。提前了解相关政策，有助于合法合规地开展经营活动。