首先，有害生物防治资质证书通常由地方住房和城乡建设部门或市场监督管理部门负责管理。不同地区可能有不同的具体规定，因此建议先咨询当地相关部门，了解具体的办理流程和所需材料。
办理有害生物防治资质证书一般需要以下材料：
1. 企业营业执照副本复印件；
2. 法定代表人身份证明；
3. 专业技术人员的资格证书或相关证明；
4. 企业管理制度文件；
5. 近三年无重大安全事故的证明；
6. 其他相关部门要求的材料。
办理流程大致如下：
1. 准备相关材料并提交申请；
2. 相关部门对申请材料进行审核；
3. 审核通过后，进行现场检查或技术评估；
4. 审核合格后，颁发有害生物防治资质证书。
需要注意的是，近年来国家对有害生物防治行业进行了规范化管理，部分地区已将该资质纳入“建筑业企业资质”或“专业承包资质”体系中。因此，在办理前应确认所在地区的最新政策，以确保符合现行规定。
此外，一些专业的有害生物防治公司也会通过行业协会或第三方认证机构获得相关资质，但这类证书通常作为补充，不具备法律效力，不能替代官方颁发的资质证书。
总之，办理有害生物防治资质证书应向当地住建部门或市场监管部门咨询，按照规定的程序提交材料，经过审核后取得合法资质，才能依法开展有害生物防治业务。