那么，特种行业许可证应该在哪个部门办理呢？根据我国相关法律法规，特种行业许可证一般由公安机关负责审批和发放。具体来说，申请人应当向所在地的县级或者市级公安机关治安管理部门提出申请，并提交相应的材料，如企业营业执照、法定代表人身份证明、经营场所平面图、安全管理制度等。
不同地区的具体流程可能略有差异，但总体而言，办理特种行业许可证的主体是公安机关。在申请过程中，申请人还需要配合公安机关进行实地核查，确保其经营场所符合安全、消防、卫生等相关要求。
此外，部分行业的许可证可能还涉及其他主管部门的协同管理。例如，从事危险化学品经营的企业，除了需要公安机关的许可外，还需向应急管理部门申请相关资质。
总之，特种行业许可证的办理主要由公安机关负责，具体流程应以当地公安机关的要求为准。企业在申请前应详细了解相关政策和规定，确保顺利获得许可证，合法合规开展经营活动。