在实际操作中，具体办理部门可能因地区而异，但一般是由县级以上地方人民政府卫生健康委员会或卫生健康局负责。部分城市可能将该职能下放到市场监督管理部门，但多数情况下仍由卫生健康部门主管。
申请公共卫生许可证前，申请人需要准备相关材料，包括但不限于：单位营业执照、场所平面图、卫生管理制度、从业人员健康证明等。相关部门会对申请单位进行现场审核，确认其符合国家和地方的公共卫生标准后，方可颁发许可证。
此外，公共卫生许可证的有效期一般为几年，到期前需提前申请延续，否则将视为无效。未取得许可证擅自从事相关经营活动的，将依法受到行政处罚，甚至被责令停业整顿。
总之，想要办理公共卫生许可证，应前往当地卫生健康行政部门咨询具体流程和所需材料，并按照规定完成申请和审批程序。