出口许可证是国家对某些商品出口进行管理的重要手段，主要用于控制战略物资、敏感技术、资源性产品等的出口。办理出口许可证的部门根据不同的商品类别和国家政策有所不同。
在中国，出口许可证的审批和发放主要由商务部及其下属机构负责。具体来说，商务部进出口许可管理局是负责统一管理出口许可证的主管部门。对于部分特殊商品，如药品、生物制品、武器弹药等，可能还需要经过其他相关部门的审核，例如国家药品监督管理局、公安部等。
一般来说，企业需要向当地商务主管部门提交申请材料，由地方商务部门初审后，上报至商务部或其授权机构审批。审批通过后，企业才能获得出口许可证，并依法开展相关商品的出口业务。
此外，随着国际贸易环境的变化和政策的调整，出口许可证的管理范围和流程也可能发生变化。因此，企业在办理前应详细了解最新的政策规定，必要时可咨询专业机构或法律顾问，以确保合规操作。
总之，出口许可证的办理主要由商务部负责，具体流程和所需材料需根据商品种类和相关政策来确定。