根据《建筑业企业资质标准》（建市〔2014〕159号）及相关规定，水利工程施工企业资质分为不同等级，主要包括：
1. **特级资质**：适用于大型综合性水利工程项目，要求企业具备雄厚的技术实力、丰富的工程经验和良好的社会信誉。企业需满足注册资本、净资产、工程业绩、技术负责人资格等多方面条件。
2. **一级资质**：适用于大中型水利工程项目，对企业注册资本、净资产、工程业绩、技术负责人和专业技术人员数量等有较高要求。
3. **二级资质**：适用于中型及以下水利工程项目，对企业注册资本、净资产、工程业绩和技术人员配备有一定要求。
4. **三级资质**：适用于小型水利工程项目，对企业注册资本、净资产、工程业绩和技术人员数量要求相对较低。
此外，部分地方还可能根据实际情况设立其他等级或专项资质，如水工建筑物基础处理、水利水电设备安装等专业承包资质。
企业在申请资质时，需按照相关规定提交企业法人营业执照、组织机构代码证、税务登记证、企业章程、主要管理人员和技术人员的资格证书、工程业绩证明材料等文件。
水利工程施工资质等级标准不仅关系到企业的市场准入资格，也直接影响其承接项目的规模和范围。因此，企业应根据自身条件合理选择资质等级，并不断提升自身综合实力，以适应不断发展的水利建设市场需求。