首先，食品许可证主要包括食品经营许可证和食品生产许可证两种类型。食品经营许可证主要针对餐饮服务、食品销售等环节，而食品生产许可证则适用于食品生产企业。
在中国，食品经营许可证通常由县级以上地方市场监督管理局负责办理。具体来说，申请人应向所在地的市场监督管理所或行政审批局提交申请材料。如果企业注册地在某个区或县，那么应该前往该区或县的市场监督管理局进行办理。
对于食品生产许可证，申请人需要向省级市场监督管理部门或其委托的机构提出申请。例如，大型食品生产企业可能需要向省级市场监督管理局提交申请，而小型企业则可能由市级或县级市场监管部门负责。
办理食品许可证所需材料一般包括：营业执照复印件、法定代表人或负责人身份证明、经营场所平面图、食品安全管理制度文件、从业人员健康证明等。不同地区可能会有具体要求，建议提前咨询当地市场监督管理部门。
此外，近年来很多地方已经实现“一网通办”，申请人可以通过当地政务服务网在线提交申请，大大简化了办理流程。部分地区还提供“最多跑一次”服务，进一步提高了办事效率。
总之，办理食品许可证的主要部门是市场监督管理局，具体负责单位根据经营类型和地区划分。建议申请人提前了解当地政策，准备好相关材料，以确保顺利办理。