1. 营业执照：这是所有企业开展经营活动的前提，运输公司必须向工商行政管理部门申请并取得营业执照。
2. 道路运输经营许可证：从事道路货物运输的企业必须向交通运输部门申请该证，证明其具备合法的运输资格。
3. 企业法人代码证（或统一社会信用代码）：用于证明企业的法人身份，现在通常与营业执照合并为一个证件。
4. 税务登记证：用于税务管理，现在也已与营业执照合并。
5. 组织机构代码证：用于标识企业的组织机构，现已与营业执照合并。
6. 安全生产许可证：部分危险品运输公司需要办理，确保企业在运输过程中符合安全标准。
7. 车辆营运证：每辆用于运营的车辆都需要办理，证明该车辆可以合法上路运输。
8. 驾驶员从业资格证：驾驶员需通过考试取得，证明其具备驾驶相应车型的资格。
9. 货运代理资质（如涉及）：如果公司从事货运代理业务，可能需要向相关部门申请相应的资质证书。
10. 环保相关证件：部分地区要求运输公司提供环保方面的证明，尤其是涉及重型车辆或特殊货物时。
11. 消防验收合格证：如果公司有仓库或办公场所，可能需要通过消防部门的检查并取得相关证书。
12. 保险证明：运输公司通常需要为车辆和货物购买相应的保险，如交强险、商业险等，并提供相关证明。
以上是运输公司常见的需要办理的证件，具体要求可能会因地区政策和企业类型的不同而有所变化。建议在开业前咨询当地交通运输管理部门及相关机构，以确保符合所有法规要求。