首先，根据《建筑业企业资质标准》，市政公用工程施工总承包二级资质的企业，可以承接单项合同额不超过4000万元的市政公用工程施工。因此，从理论上讲，市政二级资质企业不能直接承接超过4000万元的工程项目。
但是，在实际操作中，有些地区或项目可能会有灵活处理的方式。例如：
1. **联合投标**：企业可以与其他具备更高资质的企业组成联合体进行投标，这样就能参与更大金额的项目。
2. **分包模式**：如果企业具备较强的施工能力和管理经验，可以在大型项目中作为分包单位承接部分工程，从而间接参与5000万元以上的项目。
3. **地方政策支持**：部分地区为了鼓励企业发展，可能会对符合条件的企业给予一定的资质突破或特殊审批。
此外，企业还可以通过提升自身资质等级来扩大业务范围。比如，通过升级为市政公用工程施工总承包一级资质，就可以承接更大规模的工程项目。
综上所述，市政二级资质企业一般不能直接承接5000万元的工程，但可以通过联合投标、分包合作等方式参与其中。同时，企业也应积极提升自身实力，争取更高的资质等级，以拓展更广阔的市场空间。