首先，企业可能面临法律风险。根据相关法律法规，如果企业停止经营或不再从事食品生产、销售活动，应及时向发证机关申请注销食品许可证。若未及时注销，可能会被视为仍在合法经营状态，一旦被监管部门检查发现，将面临行政处罚，如警告、罚款甚至吊销许可证。
其次，影响企业信用记录。在现代商业环境中，企业的信用记录非常重要。未注销的食品许可证可能被记录在企业信用档案中，影响企业在银行贷款、政府采购、招投标等方面的信誉，进而对企业的正常运营造成不利影响。
此外，还可能引发不必要的税务问题。食品许可证作为企业合法经营的重要凭证，与税务登记、发票管理等密切相关。如果许可证未注销，可能导致税务部门对企业经营状况产生误解，从而引发税务稽查或补税等问题。
最后，给后续经营者带来困扰。如果原企业未及时注销许可证，新经营者在申请许可证时可能会遇到障碍，因为系统中可能存在重复或无效的信息，影响新企业的正常注册和经营。
因此，企业应重视食品许可证的管理，及时办理注销手续，避免因疏忽而带来的各种不良后果。