1. **地区差异**：一线城市如北京、上海、广州等地的代办费用通常高于二三线城市，因为人力成本和运营成本较高。
2. **办理难度**：如果企业经营项目较为复杂，如餐饮、医疗、美容等，可能需要更多的材料准备和现场审核，因此费用会相应提高。
3. **代办机构类型**：正规的代办公司收费透明，服务全面；而一些小作坊或个人代办可能存在隐藏费用或服务质量不稳定的问题。
4. **是否加急服务**：部分代办机构提供加急服务，可以在短时间内完成办理，但需支付额外费用。
5. **是否包含后续服务**：有些代办公司会在基础费用之外，提供年检、变更、续期等后续服务，这些也会影响总费用。
总体来看，普通卫生许可证的代办费用大约在300-1000元之间，特殊行业或复杂情况可能达到2000元以上。建议企业在选择代办服务时，应优先考虑正规、有信誉的机构，并明确服务内容和收费标准，避免被乱收费。