首先，申请机构应满足基本条件，包括有符合规定的名称、地址、组织机构和管理制度；配备与开展业务相适应的卫生技术人员；拥有必要的医疗设备和设施；具备相应的资金和场所等。此外，医疗机构还应具备良好的医疗服务质量和安全管理能力。
在准备申请材料时，通常需要提交以下文件：医疗机构设置申请表、可行性研究报告、选址报告、建筑设计平面图、卫生技术人员资格证书复印件、设备清单、规章制度文件以及法律、法规规定的其他材料。不同地区可能有不同的具体要求，因此申请单位应提前咨询当地卫生健康行政部门，了解详细流程和所需材料。
申请流程一般包括提交申请、形式审查、现场评审、公示和颁发许可证等步骤。卫生健康行政部门在收到申请后，将对申请材料进行初审，符合条件的将安排现场检查，核实医疗机构的实际运营条件是否符合标准。通过评审的机构将获得《医疗机构执业许可证》，并依法登记注册，方可正式开展诊疗活动。
需要注意的是，医疗机构执业许可证的有效期一般为五年，到期前需按规定申请延续。同时，医疗机构在经营过程中如发生变更，如法定代表人、诊疗科目、地址等，应及时办理变更手续，确保合法合规。
总之，申请医疗机构执业许可证是一项系统性、规范性较强的工作，医疗机构应高度重视，严格按照规定程序操作，确保顺利获得许可，保障患者权益和医疗安全。