根据国家烟草专卖局的相关规定，申请烟草专卖零售许可证本身并不收取费用，但部分地区可能会有工本费或管理费，金额一般在几十到几百元之间。如果申请人选择通过中介或代理机构办理，这些机构往往会收取一定的服务费，费用高低取决于地区、服务内容和机构的收费标准。
如果花费了3万多元，这种情况在大多数情况下是不正常的。除非以下几种情况：
1. 申请人所在地区政策特殊，存在较高的管理费用或附加费用。
2. 中介机构收取了高额的服务费，且没有明确说明费用构成。
3. 存在违规操作，如贿赂或其他非法手段获取证件。
建议申请人先了解当地烟草专卖局的具体政策，确认是否有必要支付高额费用。同时，选择正规的中介机构，并签订书面合同，明确服务内容和费用，避免被坑骗。
总之，正常情况下办理烟草证的费用不会达到3万多元，若出现此类情况，应引起警惕并进行核实。