首先，食品经营许可证是由市场监督管理部门（原食品药品监督管理局）颁发的，用于证明食品经营者具备合法从事食品经营活动的资格。该证主要针对食品销售、餐饮服务等环节，涵盖的内容包括经营场所、从业人员健康状况、食品安全管理制度等。申请食品经营许可证需要符合《食品安全法》及相关法规的要求，并通过相关部门的审核。
其次，卫生许可证原本是由卫生健康行政部门颁发的，主要用于证明单位或个人在公共场所、餐饮服务等行业具备基本的卫生条件和管理能力。卫生许可证主要关注的是环境卫生、个人卫生、消毒措施等方面。不过，随着我国行政审批制度的改革，卫生许可证已经逐步被食品经营许可证所取代，特别是在餐饮行业，卫生许可证已不再单独发放。
目前，在大多数地区，食品经营许可证已经涵盖了卫生许可证的功能，也就是说，取得食品经营许可证后，通常就不再需要单独申请卫生许可证。但具体政策可能因地区而异，建议根据当地市场监管部门的规定进行咨询和办理。
总结来说，食品经营许可证和卫生许可证虽然都与食品行业相关，但前者更侧重于食品安全管理，后者更侧重于卫生条件。随着政策调整，卫生许可证逐渐被食品经营许可证所替代，但在一些特殊情况下，仍可能存在过渡期的并行情况。因此，从事食品行业的人员应了解当地的最新规定，确保合法合规经营。