在大多数地区，食品经营许可证的申请和办理工作由当地市场监督管理局或行政审批局负责。申请人需要向所在地区的市场监督管理部门提交申请材料，经过审核、现场核查等程序后，符合条件的将获得食品经营许可证。
不同类型的食品经营项目，如食品销售、餐饮服务、网络食品销售等，可能需要不同的许可证或备案。例如，从事餐饮服务的经营者需要申请《食品经营许可证》，而仅销售预包装食品的经营者可能只需进行备案。
办理食品经营许可证前，申请人应详细了解当地的政策规定，准备好相应的材料，如身份证明、经营场所平面图、食品安全管理制度等。同时，确保经营场所符合卫生、消防、环保等方面的要求。
总之，食品经营许可证的办理主要由市场监督管理部门负责，申请人应根据自身经营类型和所在地的具体要求，向相关部门提出申请，并按照流程完成审批手续。