当食品经营者发现其许可事项发生变化时，应及时向原发证的市场监督管理部门申请变更登记。根据《中华人民共和国食品安全法》及相关法律法规的规定，食品经营者必须确保其经营活动符合许可范围，不得擅自改变许可事项。若未及时办理变更手续，可能会面临行政处罚，甚至被责令停业整顿。
常见的许可事项变更包括：新增食品类别、变更经营地址、更换负责人、调整经营方式（如从预包装食品销售变更为散装食品销售）等。在申请变更时，经营者需提交相关证明材料，如新地址的租赁合同、负责人身份证明、营业执照复印件等，并填写《食品经营许可变更申请表》。
此外，部分地区的市场监管部门还要求经营者在变更前进行现场核查，以确保其具备相应的经营条件。因此，食品经营者应提前了解当地政策，做好准备工作，避免因程序不当而影响正常经营。
总之，食品经营许可证的许可事项一旦发生变化，经营者必须依法依规及时办理变更手续，确保合法合规经营，保障食品安全，维护消费者权益。